Первое высшее учебное заведение края - Сибирский лесотехнический институт - основан в 1930 году на базе лесного факультета Сибирского института лесного хозяйства и лесоводства (г. Омск). В 1932 году образован Красноярский педагогический институт.

В 1942 году на базе Воронежского стоматологического и четырех Ленинградских (1-го и 2-го медицинского, педиатрического и стоматологического) институтов создан Красноярский государственный медицинский институт. В 50-х годах были образованы 4 новых вуза: сельскохозяйственный институт, Енисейский педагогический институт (1954 г.), переведенный в 1977 году в г. Лесосибирск, политехнический институт (1956 г.), институт цветных металлов (1959 г.). На базе Красноярского политехнического института и Красноярского машиностроительного завода основан завод-ВТУЗ как филиал Красноярского политехнического института (1960 г.). В 1961 году в Норильске открыт вечерний индустриальный институт, преобразованный в 1985 году в завод-ВТУЗ при Норильском горно-металлургическом комбинате. На базе Красноярского филиала Новосибирского государственного университета в 1969 году открыт Красноярский государственный университет.

В последующие годы в Красноярске созданы институт искусств (1978 г.), инженерно-строительный институт (1982 г.), художественный институт (1987 г.), институт торговли (1990 г.). В 90-е годы ряд вузов края получил новые наименования: академии и университеты. В настоящее время в крае действуют 14 государственных вузов и ряд филиалов государственных вузов.

В высших учебных заведениях края учатся 75284 студента (из них 48042 на дневной форме обучения) и работают 5093 преподавателя (в том числе, 268 докторов наук и 2263 кандидата наук). В 1999 году высшая школа края выпустила около 10000 специалистов. Структура специальностей в вузах практически полностью закрывает потребность экономической и социальной сферы края в специалистах соответствующего профиля подготовки. Вузы в условиях реформ вводят новые специальности, соответствующие потребностям рыночной экономики.

Дополняет систему государственного высшего образования сеть филиалов негосударственных высших учебных заведений (преимущественно московских и санкт-петербургских). Филиалы негосударственных вузов ведут образовательную деятельность во всех городах края.

Коллективы научных учреждений и вузов объединяют около 9 тысяч научных и научно-педагогических работников, в т. ч. более 200 докторов и около 2300 кандидатов наук.