Создателем сада является Вс. М. Крутовский, который родился 30 декабря (по старому стилю) 1864 г. в г. Красноярске. Отец его, родом из Владимирской губернии, бывший мелким служащим, стал к этому времени купцом, а затем золотопромышленником, приобретя в Удерейской тайге три прииска (Калифорнийский, Ефимовский, Михайло-Еленинский) .

Вс. М. Крутовский, окончив гимназию, в 1884 г., поступил на естественный факультет Петербургского университета, где учился до 1888 г., затем был отчислен «за неблагонадежность» и вынужден уехать за границу.

Жил в Италии, Франции, Англии, где продолжил образование по биологии плодовых растений, читал лекции в Народном университете. За время эмиграции Всеволод Михайлович побывал в Испании, Германии. Владел французским, английском, немецким, итальянским языками.

Вернувшись на родину, Вс. М. Крутовский в 1904—1906 гг. был директором фельдшерской школы, где читал курс общей биологии; секретарем Красноярского общества врачей, основателем и редактором газеты «Голос Сибири» и занимался на загородном участке выращиванием плодовых растений, используя зарубежный опыт и результаты исследований своего брата Владимира Михайловича, а также А. И. Олониченко и других сибирских садоводов,. Чтобы защитить теплолюбивые европейские сорта яблони, абрикоса от вымерзания, им была разработана, стелющаяся форма кроны в виде двуплечего кордона, получившая название «арктический стланец» или «красноярский стланец». При такой форме у деревьев в течение всей жизни кроны находились в пригнутом горизонтальном положении. Деревья такой формы не подмерзали и давали высокий урожай крупных плодов до 300 кг.

В 1906 г., опасаясь заключения и ссылки за постоянные выступления на митингах и работу в газете, он эмигрировал в Финляндию, затем, приехав в Петербург, был арестован. В г. Киренске отбыл ссылку, затем был выслан за пределы края и с 1909 по 1915 гг. жил в Томске, являясь неофициальным редактором газеты «Сибирская жизнь» и осуществляя письменное руководство работами, проводимыми в саду

С 1915 г., вернувшись в Красноярск, он работал секретарем съезда золотопромышленников Южной Тайги, управляющим делами Енисейского общества страхования рабочих, президентом Красноярского отделения географического общества и продолжал опытные работы по формированию сада.

С 1920 г. Вс. М. Крутовский обратился в Губернский комитет с проектом организации первой в Сибири опытной станции по плодоводству. Помологическая станция была создана на территории Красноярского опытного поля на Бугаче. Всеволод Михайлович назначен заведующим станцией, а его сад стал Лалетинским филиалом.

Вс. М. Крутовский при выведении сортов плодовых деревьев успешно применяя отбор, гибридизацию, вывел 17 сортов культурных и полукультурных сортов яблони.

Всеволод Михайлович занимался не только выращиванием плодовых, но и декоративных растений, получая семена, черенки из европейской части, Амурского, Хабаровского краев, Сахалина.

В 1923 г. за достижения и представленные экспонаты Вс. М. Крутовский был отмечен благодарностью первой сельскохозяйственной выставки в Москве. По просьбе организаторов выставки из сада были выкопаны две яблони 26—28 летнего возраста, которые были посажены на территории ВДНХ. В 1936 г. Вс. М. Крутовский получил премию в размере 1000 рублей от Народного Комиссариата земледелия РСФСР за выведенные сорта яблони Желтое наливное, Алхас, Лалетино и др. и за применение в Красноярском крае стелющейся формы плодовых деревьев.

В 1938 г. Вс. М. Крутовский был арестован по обвинению в антисоветской деятельности, в 1940 г. — освобожден «за недостаточностью предъявленного обвинения».

После освобождения Всеволод Михайлович продолжал опытные работы в Лалетинском филиале.

Скончался Вс. М. Крутовский в 1945 г. и был похоронен на территории сада.

Работы по саду продолжала плодово-ягодная станция, затем сад был передан комбинату по благоустройству и озеленению Свердловского района, затем Красноярскому мехлесхозу. С 23 июня 1988 г. сад является учебной базой Сибирского государственного технологического университета.

С этого момента под руководством проф. Р. Н. Матвеевой проводятся работы по восстановлению сортов яблони, начато создание коллекционного, маточного отделений. Ведется оценка сортов, форм, биотипов с выделением перспективных в сибирском регионе и размножение семенным, вегетативным способами.

В 1990 г. саду был придан статус памятника истории и культуры краевого значения, а в 1995 г. — Ботанического сада имени Вс. М. Крутовского, который подлежит охране как уникальный памятник природы. С этого момента в соответствии с Федеральным законом «Об особо охраняемых природных территориях» сад является природоохранным учреждением.

В настоящее время сад представляет собой уникальную коллекцию, генофонд которой является ценным материалом для селекционных работ и продолжения исследований Всеволода Михайловича: 40 сортов крупноплодной яблони в возрасте 47—98 лет сохранились в стелющейся форме на площади 3 га в мемориальной части на верхней террасе Енисея, 2 га — на нижней террасе, где яблони растут в открытой форме. Коллекция содержит сорта яблони российской и зарубежной селекции (Антоновка обыкновенная, Аркад зимний, Астраханское белое и др.) и шесть сортов селекции Вс. М. Крутовского (Аврора, Зеленое Крутовского, Красноярская красавица, Красноярское, Красноярский сибиряк, № 22). Высота деревьев не превышает 1,5 м при среднем диаметре кроны 5,1 м.

Из декоративных растений, интродуцентов, выращиваемых Вс. М. Крутовским, сохранились виноград амурский, кедр сибирский, лещина амурская, липа мелколистная, орех маньчжурский, рододендрон даурский, роза колючейшая, сирени амурская, венгерская, обыкновенная.

С целью продолжения работы Вс. М. Крутовского по выращиванию инорайонных растений в Ботаническом саду с 1989 г. создается интродукционное отделение. В коллекции представлено 203 вида, многие из них выращены из семян, собранных в дендрариях СибГТУ, Института леса СО РАН с маточных растений, акклиматизировавшихся в данных экологических условиях.

В саду проводятся учебная, научная и просветительская деятельность. Студенты лесохозяйственного факультета проходят учебную, производственную практики, принимая активное участие в сохранении и пополнении коллекций.